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Prediction model external validation

안녕하십니까. 경희대학교 약학대학 소속 연구원 윤현아라고 합니다.

Atlas를 통해 구축된 Prediction Model의 External validation을 시도하고 있습니다.
연구 중 위의 사진과 같은 오류가 계속 발생하여 어떻게 하면 좋을 지 방법을 찾고 있는 중입니다.
저희 데이터베이스는 Oracle이 아니어서 Null로 지정해놓은 상태입니다.

혹시 비슷한 오류를 해결해보신 분이 있으면 해결 방법 공유 부탁드립니다.

감사합니다.

사용하시는 DB가 PostgreSQL 일까요?

Redshift 입니다!!

output folder에 error log가 있을텐데, 공유 가능할까요?

네 교수님, output folder에는 log.txt 파일 하나가 생성되었는데,
image

R에서 뜨는 것과 같은 것 확인할 수 있었습니다.

아마도는 package 간의 version이 안 맞을 가능성이 제일 높습니다.

아래처럼 Hydra를 이용해서 package를 re-building 해보시면 어떨까 하는데요…

추가적으로 Prediction Model의 skeleton이 old version인 것 같습니다. 아래에 공유해드리는 update된 skeleton으로 변경하신 후에 구동해보시는 것을 추천드립니다!

OHDSI/SkeletonPredictionStudy: A skeleton package to use as a template for studies developing prediction models (github.com)

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