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Este é o tópico para postar as suas dúvidas em relação ao trabalho de mapeamento do SIGTAP.
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Bom dia.
Me chamo Frederico Jorge, já fiz o mapeamento e já enviei para vocês.
Fiquei com algumas dúvidas. Tentei realizar o mapeamento com os nomes conceituais do OMOP que contivessem todas as informações contidas no SIGTAP. Porém me deparei com algumas situações que precisaria esclarecer.
1- Alguns códigos do vocabulário OMOP vinham a concentração antes do nome do medicamento, mas com as mesmas informações do SIGTSP. Essa variação da ordem dos termos pode influenciar o resultado final?
Ex: SIGTAP - Latanoprost 0.05 mg/ml ophthalmic solution (by 2.5 ml vial)
OMOP- 2.5ml Latanoprost 0.05 mg/ml ophthalmic solution
2- Alguns medicamentos cadastrados no OMOP se referem a um fabricante em específico, porém o SIGTAP se refere apenas ao nome da substância. Podemos fazer a equivalência?
Ex. Trihexyphenidyl oral tablet (TRIHEXIN)
Agradeço a atenção
Olá Fred,
Minhas respostas:
- O que importa é o significado do termo. Se a alteração da ordem não altera o significado, pode ser mapeado como equivalente.
- No SIGTAP realmente não tem nome comercial. Portanto, o ideal é mapear para o princípio ativo (e não para o nome da marca). Muitas vezes o Usagi poderá te sugerir um nome de marca como o que teve a melhor equivalência, mas aí você precisará buscar o termo do princípio ativo.
Tem duas maneiras para você fazer isso
- Buscar no campo de query
- Ir em View → Concept information, e aí ver os termos pais do termo que está selecionado. Se estiver selecionado um conceito de marca como você falou “Trihexyphenidyl oral tablet (TRIHEXIN)”, ao verificar os termos pais apareceram opções sem a marca:
Bom dia.
Sem problemas Carlos. Entendi o conceito.
Mas nesse caso em pauta, que foi real, o Trihexyphenydil era de 5mg.
Para abranger toda descrição do SIGTAP, incluindo a concentração posológica, a pesquisa das equivalências pelo proxy sempre vinham com nome comercial.
Nesse caso específico, escolhi o Artane, já que acho que é o nome comercial do Triexifenidil (nome em português) mais conhecido aqui no Brasil.
Espero que atenda
Agradeço o retorno
Fred
Olá @Fred ,
Se você ir em View → Concept Information, você consegue achar a versão sem ser com o nome de marca como ‘Conceito pai’ desse que você selecionou:
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Bom dia Carlos
Tentei importar a tabela em excel agora para corrigir alguns erros, incluindo o do Trihexyphenidil, mas quando tento importar em formato excel ele sempre dá uma mensagem, que coloco abaixo. Notei que ocorre na linha 2 da tabela, pois quando elimino essa linha ou tento colocar outra coisa no lugar, a mensagem de erro se repete. Como corrigir?
fred
Já tentei mudar o nome, mudar a formatação, etc, sem sucesso.
Qual caminho você está usando para abrir o arquivo?
Após ter feito o mapeamento, salve utilizando File → Save
Se quiser revisar o que fez, utilize File → Open
Se for por import codes, ele irá começar do zero
Ajuda para o mapeamento:
Fonte: SBIS Sociedade Brasileira de Informática em Saúde - YouTube
–
Fonte: Usagi - Usage
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boa noite
baixei todos os arquivos mas quando fui importar a planilha para usagi não apareceu o filtro drugs e não importou. Como fazer?
não importa
@LIS ,
Na reunião que fizemos para tirar dúvidas no dia 11/07/2022 tinha uma pessoa com o mesmo problema que você
Veja que não aparece o domínio “Drugs” e depois não importa. Isso ocorre porque você não está com os vocabulários indexados no Usagi
Existem duas maneiras de ter os vocabulários indexados:
- Baixar o Usagi, baixar os vocabulários no Athena e vincular vocabulários (mais difícil)
- Baixar o Usagi com vocabulários indexados que enviamos para esse estudo de mapeamento.
Se você seguiu o caminho 1, provavelmente teve alguma falha no momento da vinculação dos vocabulários
Se você seguiu pelo caminho 2, certifique-se que está rodando o arquivo .jar do Usagi em pasta descompactada pois se você rodar no arquivo compactado, ele não conseguirá ler os arquivos de indexicação
vou tentar, obrigada
Para mapear os dados de um ambiente de saúde para o OMOP, preciso antes padronizar meus termos para o SNOMED, LOINC, RxNorm e outros?
Não entendi bem esse trecho do vídeo em destaque. 
Olá @lauro_br ,
SNOMED, LOINC, RxNorm etc são alguns dos vocabulários que o OMOP utiliza como padrão
Quando você quer mapear termos de vocabulários não-padrão (SIGTAP, por exemplo) para os vocabulários padrões do OMOP, podemos usar algumas ferramentas como o Usagi (que é o que temos feito).
Acho que uma maneira interessante de você se aprofundar nessa questão dos vocabulários do OMOP é dar uma lida no The Book of OHDSI
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Oi @carlosalcampos !
Acho que entendi. Favor me corrija…
Se tenho dados não padronizados e quero armazená-los no OMOP, antes preciso padronizá-los para um vocabulário padrão utilizado pelo OMOP (tipo: SNOMED, LOINC, RxNorm, etc) usando a ferramenta USAGI.
É isso?
Obrigado pela indicação de leitura o The Book of OHDSI está sendo de grande ajuda.
Isso
O ideal é você fazer esse de-para para os vocabulários padrões para você ter todas as vantagens da parte semântica no modelo comum de dados.
Uma das ferramentas existentes é utilizar o Usagi, mas poderia fazer de outras formas se quisesse.
Além do The Book of OHDSI, um outro link legal de ver é o manual do CDM