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Mapeamento SIGTAP - OMOP

OHDSI em Português
#21

Bugs na interface do Usagi (para @MaximMoinat):

  1. Quando se muda de Flag: EQUAL para Flag:WIDER ela não volta para EQUAL quando você seleciona a próxima droga! Não percebi e o Usagi colocou WIDER em vários mapeamentos por engano.
  2. Não dá para marcar e copiar um texto na interface. Ela não deixa marcar o texto e quando se usa cntr-c cntr-v ela cópia a linha inteira. Isso atrapalha pois as vezes quero copiar uma string para buscar no Athena ou no Google.
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#22

Hi, just discovered this great thread on Usagi (thanks to the mention, and Google Translate…).

Firstly @lauro_br, I gosto your Equivalence slide! I might adapt this for my own presentations on Usagi, if that is okay with you. Ps. what is your opinion on equal/equivalent distinction? Does it help or is it only confusing?

Then @Fred, Usagi usually gives that ‘NumberFormatException’ if there is non-number in the frequency field. Try to import without frequency column to see if that is indeed the issue.

Regarding the issues reported by @dilvan:

  1. I am aware of that behaviour. In some cases you might want to repeat the same status in subsequent mappings. However, I agree that this is confusing and I created an issue: https://github.com/OHDSI/Usagi/issues/152
  2. For that, there is a feature since v1.3 to link out directly to Athena or Google. See the menu View->Search Athena. Or alt-a.
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#23

About the 2nd bug, users may want to copy terms in the UI for a number of reasons. I do not see why they shouldn’t be able to mark and copy -paste strings from the Usagi UI. It’s something that users take it for granted.
Dilvan.

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#24

Hi @MaximMoinat

Thanks for helping us in Portuguese Forum :fist_right: :fist_left:

I did this slide to explain the equivalence process in our project. Images are better than text!
You can use as you want
I confess that I still have difficulties in equal/equivalent distinction. It’s a linguistic/logic concept that I have to study deeper. If you have a simple explanation of the difference, I would appreciate a lot

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#25

Oi @MaximMoinat !

O slide foi criado pelo @carlosalcampos, também me ajudou bastante.
Entendo que dois termos são iguais quando possuem mesma escrita e significado. E equivalentes quando diferem na escrita mas significam a mesma coisa, por exemplo: radiografia panorâmica facial (termo mais usado no Brasil) equivale a ortopantomografia (termo americano).

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#26

There is the issue, I think I understand, but it is very hard to explain. I think that already makes it confusing and therefore I am thinking about removing ‘equivalent’ from the UI in a next release.

That is a nice explanation actually!

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#27

Olá pessoal, estou fazendo o mapeamento dos termos do pacote de procedimentos de oncologia do SIGTAP ainda não mapeados.

Esta dúvida se refere ao mapeamento de termos de radioterapia. No SIGTAP temos vários termos que designam radioterapias para partes específicas do corpo como “Radioterapia de pele”, “Radioterapia do aparelho urinário”, “Radioterapia do sistema nervoso central”.

Eu estava mapeando estes termos como WIDER para “Radiotherapy by body site” (Concept ID 4181154), mas quando fui fazer o Radioterapia para sistema nervoso central fiquei na dúvida se de alguma forma poderíamos indicar o vínculo para o termo “Procedure on central nervous system” (Concept ID 4042642) para facilitar as pesquisas de alguém analisando o problema do ponto de vista do CNS ao invés da radioterapia.

Dúvidas:

  1. Vocês concordam que é melhor mapear para “Radiotherapy by body site” do que para “Procedure on central nervous system”
  2. Existe alguma maneira de associar também ao segundo termo para facilitar a manipulação de dados para outras análises
#28

Oi pessoal,

Estou com uma dúvida em relação ao mapeamento do procedimento “Internação para radioterapia esterotáxica do sistema nervoso central”, mas esta dúvida também se aplica a outros termos que se referem a internações.

Eu não encontrei termos que de fato são utilizados para Internações. Para a busca de conceitos eu usei os termos Hospitalization, Inpatient, Stay, Inpatient, mas nenhum destes trouxe resultados razoáveis.

No exemplo espcífico de Internação para Radioterapia Estereotáxica, eu fix o mapeamento para Stereotactic radiotherapy. Mas fiquei na dúvida de fazer o mesmo para o termo Internação para braquiterapia. Melhor mapear para tipos de Internação ou para Braquiterapia?

Se for mapear para Internação, qual seria o melhor termo para este tipo de situação?

#29

Olá Saka!

Para AIH com procedimento 03.04.01.035-9 - INTERNAÇÃO PARA RADIOTERAPIA ESTEREOTÁXICA DO SISTEMA NERVOSO CENTRAL, o que acha de considerar o período de internação na visit_occurrence (com o tipo Inpatient Visit) e colocar os procedimentos de rádio estereotáxica ou braquiterapia presentes na APAC na procedure_occurrence?
As datas dos procedimentos cairiam dentro do período de internação e ficariam associadas à visit_occurrence registrada.

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