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아주대학교 병원 피부과학 교실 조교수 최지웅이라고 합니다.
지난 번 워크샵은 잘 들었습니다.
아틀라스 사용하면서 두가지 질문이 있는데요,
어느 환자군에서의 대조군과의 혈액검사 수치비교 등을 해 보고자 한다면, 환자의 (예를 들면, 혈당이나 비타민D혈중레벨, 항핵항체 등) 혈액검사 데이터가 현재 아주대학교 ATLAS database에 등록되어 있나요?
FeederNet을 접속하여 ATLAS를 보면, 기관별로 각각 클릭해서 다른 ATLAS가 들어가도록 되는 것 같은데, 이 데이터를 모두 합쳐서 분석할 수 있는 방법은 없나요? 개별적으로 말고요. 예를 들면 feedernet의 HIRA데이터와 아주대학교 병원 데이터를 합친다던지…
감사합니다.
안녕하세요 선생님, 저는 아주대학교 의료정보학과 석박통합과정 재학중인 박유진이라고 합니다.
이에대한 답을 드리자면,
ATLAS를 통해 우리 데이터베이스에 어떤 항목들을 분석할 수 있는지를 확인 할 수 있는 탭이 존재합니다.
1번 Data source에 들어가셔서 2번에 내가 확인하고자 하는 데이터베이스를 선택 하고 3번에 어떤 항목을 확인하고 싶은지를 선택 하시면 됩니다. (condition : 진단, drug : 약물, measurement : 검사 등등)
현재 선생님께서는 아주대 데이터베이스에 어떤 검사 수치들이 들어있는지를 확인하고 싶으시기 때문에 measurement를 선택해 주시면 될 것 같습니다.
이후 4번 table을 선택 하시고 5번에 검색하고자 하는 검사 명을 입력 하시면 확인이 다음과 같이 가능합니다.
혹은 4번에서 table대신 그 왼편에 있는 Treemap을 선택 하시면 검사에 어떤 것이 있는지를 한눈에 확인할 수 있습니다.
두 번째 질문에 대하여는 FEEDER NET 플랫폼 자체와 관련된 질문인 것 같아 저도 명확한 답변을 드리기는 어려울 것 같습니다.
감사합니다.
아주대학교 의료정보학과
유진 드림
안녕하세요 교수님,
에비드넷 용어매핑팀 박애란 입니다.
두번째 질문에 대해서 말씀 드리자면, 데이터를 합치는 것은 불가능 합니다. 우선 환자 정보가 모두 마스킹 된 상태에서 HIRA 데이터를 받았구요, 아주대병원의 환자 정보 역시 제거된 후 일괄적으로 unique한 Id를 부여한 것이기 때문이며, 이것은 기술적인 문제라기 보다는 법적인 문제로 인해서 어렵습니다.
즐거운 하루 보내세요.
박애란 드림
감사합니다. 이전 아이디로는 글이 안써져서 새로 아이디를 만들었습니다.
근데 제가 다른 글로 다시 질문드리긴했으나, 각 코호트의 혈액검사 평균치 등을 구할 수 없나요? Researcher 게시판에 올리는 다른 한 분 대답이 ATLAS 2.8에서는 가능하도록 하겠다는 답을 주셨는데, 2.7이나 2.5에서는 불가한 모양이네요.
감사합니다.
한가지만 그럼 질문을 드리면 JAMA Netw Open. 2018;1(4):e181755 같이 여러 기관에서 데이터를 모아 연구할 경우, 결국 전체 데이터를 모아야 hazard ratio 등을 구할 수 있을 것 같은데 이건 어떻게 구현한 건가요? ATLAS에서는 구현이 안 되고, R 등으로 코딩을 해서 코호트를 합쳐야 하는 건가요?
ATLAS로 cohort generation 코드를 만들고, 나머지 부분은 R 에서 많이 작업한 것 같습니다.
해당 스터디 github repo에서 전체 R 코드를 확인하실 수 있습니다.
아주대의료정보학과 유승찬 드림
감사합니다.
많은 도움이 되었습니다.
