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질문 두개만 드리고자 합니다

atlas

(Jee Woong Choi) #1

아주대학교 병원 피부과학 교실 조교수 최지웅이라고 합니다.

지난 번 워크샵은 잘 들었습니다.

아틀라스 사용하면서 두가지 질문이 있는데요,

  1. 어느 환자군에서의 대조군과의 혈액검사 수치비교 등을 해 보고자 한다면, 환자의 (예를 들면, 혈당이나 비타민D혈중레벨, 항핵항체 등) 혈액검사 데이터가 현재 아주대학교 ATLAS database에 등록되어 있나요?

  2. FeederNet을 접속하여 ATLAS를 보면, 기관별로 각각 클릭해서 다른 ATLAS가 들어가도록 되는 것 같은데, 이 데이터를 모두 합쳐서 분석할 수 있는 방법은 없나요? 개별적으로 말고요. 예를 들면 feedernet의 HIRA데이터와 아주대학교 병원 데이터를 합친다던지…

감사합니다.


(Youjin Park) #2

안녕하세요 선생님, 저는 아주대학교 의료정보학과 석박통합과정 재학중인 박유진이라고 합니다.

이에대한 답을 드리자면,
ATLAS를 통해 우리 데이터베이스에 어떤 항목들을 분석할 수 있는지를 확인 할 수 있는 탭이 존재합니다.

1번 Data source에 들어가셔서 2번에 내가 확인하고자 하는 데이터베이스를 선택 하고 3번에 어떤 항목을 확인하고 싶은지를 선택 하시면 됩니다. (condition : 진단, drug : 약물, measurement : 검사 등등)

현재 선생님께서는 아주대 데이터베이스에 어떤 검사 수치들이 들어있는지를 확인하고 싶으시기 때문에 measurement를 선택해 주시면 될 것 같습니다.

이후 4번 table을 선택 하시고 5번에 검색하고자 하는 검사 명을 입력 하시면 확인이 다음과 같이 가능합니다.
혹은 4번에서 table대신 그 왼편에 있는 Treemap을 선택 하시면 검사에 어떤 것이 있는지를 한눈에 확인할 수 있습니다.

두 번째 질문에 대하여는 FEEDER NET 플랫폼 자체와 관련된 질문인 것 같아 저도 명확한 답변을 드리기는 어려울 것 같습니다.

감사합니다.
:slight_smile:

아주대학교 의료정보학과
유진 드림


(Aelan Park) #3

안녕하세요 교수님,
에비드넷 용어매핑팀 박애란 입니다.
두번째 질문에 대해서 말씀 드리자면, 데이터를 합치는 것은 불가능 합니다. 우선 환자 정보가 모두 마스킹 된 상태에서 HIRA 데이터를 받았구요, 아주대병원의 환자 정보 역시 제거된 후 일괄적으로 unique한 Id를 부여한 것이기 때문이며, 이것은 기술적인 문제라기 보다는 법적인 문제로 인해서 어렵습니다.

즐거운 하루 보내세요.

박애란 드림


#4

감사합니다. 이전 아이디로는 글이 안써져서 새로 아이디를 만들었습니다.

근데 제가 다른 글로 다시 질문드리긴했으나, 각 코호트의 혈액검사 평균치 등을 구할 수 없나요? Researcher 게시판에 올리는 다른 한 분 대답이 ATLAS 2.8에서는 가능하도록 하겠다는 답을 주셨는데, 2.7이나 2.5에서는 불가한 모양이네요.


#5

감사합니다.

한가지만 그럼 질문을 드리면 JAMA Netw Open. 2018;1(4):e181755 같이 여러 기관에서 데이터를 모아 연구할 경우, 결국 전체 데이터를 모아야 hazard ratio 등을 구할 수 있을 것 같은데 이건 어떻게 구현한 건가요? ATLAS에서는 구현이 안 되고, R 등으로 코딩을 해서 코호트를 합쳐야 하는 건가요?


(Seng Chan You) #6

ATLAS로 cohort generation 코드를 만들고, 나머지 부분은 R 에서 많이 작업한 것 같습니다.
해당 스터디 github repo에서 전체 R 코드를 확인하실 수 있습니다.

아주대의료정보학과 유승찬 드림


(Jee Woong Choi) #7

감사합니다.
많은 도움이 되었습니다.


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