병리 specimen 매핑 관련 도메인 질문합니다

OHDSI in Korea
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안녕하세요 고대의료원 장문정 연구원입니다.
병리 specimen을 매핑과정에서 도메인을 spec anatomic site으로 설정해도 될지 궁금합니다.
vocabulary user에서 먼저 검색을 해본 결과 'spec anatomic site는 Observation으로 들어가야 한다.'라는 의견을 봤는데 specimen으로만 매핑하려다 보니 범위가 너무 포괄적이어서 도메인으로 spec anatomic site과 specimen을 설정하여 병리검체를 매핑해도 될지 문의 드립니다.

예)

  • 도메인 specimen의 경우, tibia, acetabulum, maxillary 등 부위에 상관없이 'specimen from bone’으로 같은 concept_id 매핑
  • 도메인 spec anatomic site의 경우, acetabulum > Bone structure of acetabulum
    tibia > Bone structure of tibia로 다른 concept_id 별도 매핑
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안녕하세요. 아주대학교 의료정보학과 신서정 입니다.
Specimen 테이블의 specimen_concept_id 컬럼에 specimen domain을 설정하여 매핑하고,
anatomic_site_concept_id 컬럼에 spec_anatomic_site domain을 설정하여 매핑하면 될 것 같습니다.
감사합니다. ^^

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안녕하세요 장문정 연구원입니다.
답변 주셔서 감사합니다.
제가 예시로 들었던 부분은 specimen_concept_id 컬럼의 경우만을 질문한 거였는데, 말씀주신 대로면 spec_anatomic_site를 도메인으로 설정하여 더 구체적인 concept_id를 매핑할 수 있다면 specimen_concept_id가 NULL값이 나와도 무방한 건가요?
혹은 specimen_concept_id 하나를 찾을 때 도메인을 specimen과 spec anatomic site를 같이 설정한 범위내에서 찾아도 되는건지 궁금합니다.

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Specimen_concept_id 컬럼과 anatomic_site_concept_id 컬럼이 모두 required field로 되어 있긴합니다.
소스데이터에 anatomic_site_concept_id 컬럼을 채울만한 구체적인 site 정보가 없으면 어쩔 수 없겠지만, 정보가 있다면 anatomic_site_concept_id 컬럼도 채우면 좋을 것 같습니다.

Specimen 테이블 정의서에 보면 anatomic site에 대해 아래와 같이 설명되어 있습니다.

Anatomic site is coded at the most specific level of granularity possible, such that higher level classifications can be derived using the Standardized Vocabularies.
: Anatomic site는 표준 어휘를 사용하여 더 높은 수준의 분류를 도출할 수 있도록 가능한 가장 구체적인 수준의 세분화로 코딩된다.

일단은 Specimen_concept_id 컬럼은 specimen domain을 통해, anatomic_site_concept_id 컬럼에는 spec_anatomic_site domain을 통해 매핑을 진행하시는데,

두 컬럼 모두 가능한 한 구체적인 수준을 표현할 수 있는 가장 하위 용어로 매핑을 해 놓으시면 좋을 것 같습니다.

그렇게 한다면 각자 vocabulary hierarcy를 통해 상위 용어로 연결이 되고,
다른 기관과의 분석 과정에서도 분석 목적에 맞게 두 컬럼에서 적절한 수준의 상위 용어를 선택하여 연구를 진행하면 문제 없을 것 같습니다. :slightly_smiling_face:

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아 알겠습니다. 구체적인 답변 감사합니다-! :smiley: