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Snomed-ct 기본이 궁금합니다

OHDSI in Korea
#1

궁금한 점이 있어 글 남깁니다. /@SCYou @zeus

  1. 선조합을 할 때 사용해서 안되는 의미적 태그가 존재하나요?? 있다면 어떤 것들인가요
    248802009 Absence of breast (finding) => finding 이 의미적 태그

  2. 선조합 시 Descriptions에 동일한 언어적 표현이 있다면 맵핑이 가능한가요?

  3. 후 조합 관련
    예를 들어 Transitional cell carcinoma of renal pelvis를 SNOMED-CT로 맵핑한다면
    93985007 Primary malignant neoplasm of renal pelvis (disorder)
    27090000 Transitional cell carcinoma (morphologic abnormality)
    이렇게 두 개를 나열 하면 맵핑이 완료 되는건가요?

  4. 시간이 가능하다면 Relationships의 설명 부탁드립니다. (domain, range)

#2

@IKH

OMOP-CDM에서는 기본적으로 선조합/후조합을 지원하고 있지 않습니다. OMOP CDM 데이터 구성시 OMOP vocabulary 내의 concept을 사용하시기 바랍니다.

기본적으로 diagnosis를 위한 표준 vocabulary는 SNOMED-CT이지만, Oncology diagnosis의 경우 ICD-O3 사용이 가능/권장됩니다. ICD-O3는 histology/location을 포함하고 있으므로, transitional cell carcinoma of renal pelvis의 경우 Transitional cell carcinoma, NOS, of renal pelvis (OMOP concept ID 44500857/ ICD-O3 code: 8120/3-C65.9) 를 사용하시면 되겠습니다.

#3

@IKH 안녕하세요?
@IKH님이 질문하신 내용은 OHDSI 내용과 별개로 SNOMED CT 자체에 대한 질문으로 이해하고 답을 드리겠습니다.

우선 첫 번째 질문과 두 번째 질문은 연결되는 질문으로 보여지는데요

일단 첫 번째 질문의 경우 맵핑시에 사용해서는 안 되는 semantic tags는 없습니다만 연결하고자 하는 용어의 의미에 따라 사용하고자 하는 semantic tags는 제한 될 수 있습니다.

예를 들어 age라는 용어를 SNOMED CT와 맵핑한다고 할때 SNOMED CT에서 검색을 해보면

397669002 Age (qualifier value)
424144002 Current chronological age (observable entity)

가 검색되는 것을 볼 수 있습니다. 이 경우 어느 것과 연결할 것인가는 해당 용어의 개념을 이해하고 맵핑을 해야 합니다.

그런데 내가 원하는 age가 실제로는 Acute gastroenteritis이라면

69776003 Acute gastroenteritis (disorder)

와 맵핑이 되어야 할 것입니다.

이처럼 맵핑은 용어의 개념과 연결되어야 합니다.

특히 동일한 term이라고 하더라도 (disorder)일 때와 (morphologic abnormality)일 때의 의미가 의학적으로 다르기 때문에 잘 고려해서 맵핑을 해야 합니다.

따라서 두 번째 질문의 답은 가능할 수는 있지만 무조건 해서는 안 된다 입니다.

세 번째 질문은 SNOMED CT의 후조합에 관련된 질문인데 SNOMED CT의 후조합은 후조합 문법에 맞게 기술해야 합니다.

93985007 |Primary malignant neoplasm of renal pelvis (disorder)|:
116676008 |Associated morphology (attribute)| = 27090000 Transitional cell carcinoma (morphologic abnormality)|

다음과 같은 형태로 표현하면 될 것 같습니다.

4번째로 Relationships은 두 Concept 사이의 연관성을 나타냅니다.
앞에서 예를 든 후조합 표현식에서 보면

93985007 |Primary malignant neoplasm of renal pelvis (disorder)|과 27090000 Transitional cell carcinoma (morphologic abnormality)| 둘 사이에 116676008 |Associated morphology (attribute)|라는 관계가 성립하며 이를 attribute relationship이라고 합니다.

attribute relationship는 개념의 특성에 따라 가질 수 있는 domain과 range의 값에에 제한이 있습니다… domain은 해당 유형의 attribute 관계를 가질 수 있는 개념이고 range은 해당 유형의 attribute 관계의 값으로 사용할 수 있는 개념입니다.

여기서 116676008 |Associated morphology (attribute)|를 attribute 또는 relation type이라고 하며 해당 속성의 왼쪽에 있는 93985007 |Primary malignant neoplasm of renal pelvis (disorder)|이 domain이 되고 27090000 Transitional cell carcinoma (morphologic abnormality)|이 range가 됩니다.

SNOMED CT에서는 116676008 |Associated morphology (attribute)|이 가질 수 있는 domain에 올 수 있는 Concept이 정해져 있고 range에 올 수 있는 Concept이 정해져 있다는 의미입니다.

도움이 되셨길 바랍니다.

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