日本でのomop化について

OHDSI in Japan
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日本でのOMOP化にはいくつもの課題があります。
・語彙の問題。OHDSI標準で使っている米国の語彙と日本のものとが合わない。ただしこれは米国以外ではそれぞれ状況は異なっても共通の問題で、ざっくりとした方法は準備されつつあります。
・SNOMED-CTは国内ではライセンスの問題で使えない。メンバー国ではない。（中国も同様と聞いています。）
・国内はClaims/EHRとも、共通形式・標準コードを使うデータ形式が存在しており、国内で分析するときにわざわざ他国語彙マッピングをする動機がない。

とはいえOMOP化しなくてよいかというと、そうではありません。
・元のデータ形式は共通でも、データベース化するときにはバラバラで、プロジェクトごとに独自形式を発明している。その結果、大きな協力体制ができない。
・Globalなことが全然できない。

そこで、国内は国内で使え、かつglobalにも対応できるように、２段階でのOMOP化を考えていました。第１段階は国内用に日本標準語彙を用い、第２段階は通常のOMOPです。
（続く）

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２つの段階のうち、第１段階（国内用のOMOP）として、日本の用語を語彙テーブルにいれたOMOPを定義して使ってきました（OMOP-JV方式）。その上で第２段階へ向けてのOHDSI 標準へのマッピングが課題となっていました。この状況と解決法について前回のOHDSI/OMOPミーティングで議論しました。その中で出てきた話として、中国では国内標準用語（コード）がないそうで、どうするか色々検討してきたけれど、結局一番素早い方法、つまり、英語に翻訳した言葉を用いて、言葉尻で一番近そうなものにマッピングする、というざっくりした方法をとるそうです。中国でそうするのであれば、日本で同じ方法で行ってもGlobal的には特に問題ないことになります。ラフでもすばやくOMOP化してAtlasが動くようにすることは重要なので、日本もまずはその方法で進め、適宜改良していくのが良いのではないか、となりました。

とはいえ、翻訳で対応表を作るのは、日本の標準名称を元にしたものになりますので、元データを日本の標準名称化することが必要です。またOMOP化もバラバラでなく統一方式で行うのが効率的で、そのためにやはり何か準備のための第１段階は必要です。ただし第１段階でのOMOPへの準拠性は重要ではなくなりますので、日本用語で語彙テーブルを作らなくて構いません。ということで新しい第１段階形式を次で提案します。
（続く）

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第１段階形式、つまりOMOP化の準備段階形式として以下のものを提案します。
＜形式＞
・本来のOMOP-CDMに日本コードを格納する拡張フィールドをつけただけのもの。
たとえば、医薬品であれば、レセ電、HOT、YJ、薬価基準収載医薬品コードなどを
それぞれ格納できるフィールドを拡張定義する。
＜運用＞
・拡張フィールドにある日本用語が替わりになるconcept項目に関しては、concept_idは入れなくてよい（0を入れる）。もし入れる場合には、OHDSI標準にしたがったconcept_idをあらかじめ入れておけば、そのまま第２段階で使える。
・日本用語がないconcept項目については、OHDSI標準にしたがってconcept_idを入れる。
・Source_valueには院内コード/名称などの元の値を入れる。（元情報は消さないように）

これだけです。最大の利点は、OMOP-JVに比べてとてもシンプルなことで、取り組みやすい方法になったのではないかと自画自賛しています。

ところで独自の語彙テーブルを作らないのでOMOP-JV(OMOPのJapanese Vocabulary使用版)という名称があまり適切には思えなくなりました。そこで替わりの名前も考えました。
Japan Observational Medical Outcomes Preparing Information Extension CDM
“JOMOPIE CDM"
ジョモピーです。いかがでしょう。可愛すぎる？
英語がおかしいかもしれないのは気にしないでくださいませ。

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@hiram:

Welcome to the OHDSI Forum!! This is a friendly environment where people help each other.

With respect to the Japanese vocabularies: Please bring them to our attention, and we will add them. That way, you don’t have to do anything special: You can preserve the original Japanese notation but also store the mapped standard version which will allow global studies.

Let us know.

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@Christian_Reich:

Yes, I’ll send you the lists after finishing my preparations.
I have to check the license of vocabularies because I believe the list will be re-distributed in Athena.

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@hiram:

We don’t have to worry about the licenses right now. If there are proprietary licenses we will establish that in Athena and people need to obtain the license before downloading. But in the mean time we could start assessing what you have.

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SNOMED-CTの部分が、今では状況が変わっていますので補足します。OMOPでかつ研究目的であれば、SNOMED-CTを無料で使うことが、日本を含む全世界でできるようになりました。（OMOPでも業務用途は引き続きライセンス契約必要ですが、国単位ではなく施設単位の契約種類があり、業務用として捉えれば負担感のない水準の料金になっているようです）。
As for the SNOMED-CT part, the situation has changed now, and it is now possible for OMOP to use SNOMED-CT free of charge for research purposes all over the world, including Japan. (OMOP users still need to sign a license agreement for business operations use of SNOMED-CT, but there is an agreement type for each facility, not for each country, and the fees seem to be at a level that is not burdensome if you consider it for business operations use).

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Friends:

We are almost there. And when we are, you won’t need a signature, either. Just a click through when you download, just like now. Also, there are no fees attached.

All of that of course only if you use SNOMED-CT in your OMOP CDM and analyses based on it. If you are going outside OHDSI the special SNOMED license will not apply.

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@Christian_Reich:
What is the current status of this matter? I am writing an article on OHDSI/OMOP and would like to mention this if possible.