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Measurement mapping file

vocabularies

(DoHyun Park) #1

안녕하세요, 삼성서울병원 강미라 교수님 지도학생 박도현입니다.

현재 삼성서울병원에서는 Measurement, Observation 항목을 mapping하고 있으며, 아주대병원과의 협업을 통하여 mapping quality를 향상 시키기 위해 노력을 하고 있습니다. Mapping 파일을 공유하여 타병원들의 의견을 듣고자 글을 남기게 되었습니다.

첨부된 파일은 “삼성서울병원_Measurement.xlsx” 파일과 “삼성서울병원_Observation.xlsx” 파일로 구성되어 있습니다. 참고로 Observation은 병원마다 문진 항목이 다르기 때문에 국민건강보험공단의 일반 건강검진 문진표를 토대로 mapping 하였습니다.

위 파일들을 확인하시고 이견이 있으시다면 댓글 부탁드립니다.
삼성서울병원 Measurement.xlsx (32.8 KB)
삼성서울병원_Observation.xlsx (19.4 KB)


(Sumnemo) #2

안녕하십니까.
분당서울대병원 디지털헬스케어연구소 김보람 연구원입니다.

올려주신 파일 중 Observation의 가족력/검진력과 관련하여 저희 병원과 다른 구조를 가지고 있어 댓글 드립니다.
Mapping 하는데 있어 정답이라는 것은 없지만, 일단 저희 병원의 경우
https://github.com/OHDSI/Themis/issues/29 에서 논의된 방식을 차용하여,

가족력의 경우 observation_concept_id = 4210989 (“Family history with explicit context”) 에 대한 응답으로 value_as_concept_id를 해당 condition명을 기입하도록 하였습니다. 과거력도 마찬가지로 observation_concept_id = 3040012(“History of diseases [USSG-FHT]”) 에 대해 각 질환별 condition 명을 value_as_concept_id로 채택하였습니다.

다만, value_as_concept_id을 택할 때 저희병원의 경우 meas_value domain을 우선적으로 채택하고,
없는 경우 observation domain을 택했습니다. 이에 대해서는 위 github의 issue에서 논의된 것과 완벽히 일치하지는 않습니다만, 저희 나름대로 선택한 방식입니다.

첨부로 저희 병원의 가족력/과거력의 mapping 파일을 올립니다.

FamilyHx_Mx_Mapping_SNUBH(20200819).xlsx (17.5 KB)


(DoHyun Park) #3

먼저 용어 mapping에 관심을 가져 주셔서 감사드립니다.

정확한 답변은 Observation 담당 연구원이 주말에 정리하여 올릴 예정이며, 제가 아는 범위 내에서 먼저 답변을 드리도록 하겠습니다.

보내주신 링크의 내용은 정리하자면 matching 되는 Observation 항목이 있다면 SNOMED-CT의 concept_id가 observation_concept_id로 들어가고, matching이 되는 항목이 없다면 observation_concept_id에 과거력/가족력에 대한 SNOMED-CT의 concept_id를 넣고 value_as_concept_id에는 SNOMED-CT의 해당 질병명을 쓰는 것으로 이해하였습니다.

EX) 심근경색/협심증에 대한 과거력을 묻는 항목이 SNOMED-CT에 없는 경우:
심근경색/협심증 진단에 대한 과거력이 있는 사람에 대한 mapping은 '4214956 History of clinical finding in subject’가 observation_concept_id로 들어가게 되는 것이고 value_as_concept_id로는 '4185932 Ischemic heart disease’가 들어가게 되는 것입니다.

추가로 저희는 Observation의 경우 모두 SNOMED-CT로 mapping 하였는데 LOINC로 mapping하신 이유가 있으실까요?

날이 많이 더워졌는데 건강 유의하세요.

감사합니다.


(Sumnemo) #5

실은 저희 병원에서도 EMR data의 경우 모두 SNOMED-CT Vocab 기반으로 과거력과 가족력이 표현되어 있기는 합니다. 그래서 처음에 건강검진 설문문항을 SNOMED-CT기반으로 Mapping 시행하기도 하였습니다.
(*첨부파일 참조: FamilyHx_Mx_Mapping_SNUBH(20200820).xlsx (19.4 KB) )

그 후 위에 유수영 교수님이 언급하셨듯이 Survey set 의 Has Answer relationship을 살리는 것에 포커스를 두어 LOINC로 매핑하는 쪽으로 변경하게 되었습니다.

앞서 언급드렸다시피 모든 기관들이 각기 CDM을 확장, 구축해나가는 단계에 있어
golden standard가 명확하게 제시되어 있지는 않은 상태라,
value값을 SNOMED-CT 기반으로 Mapping을 시행하여 domain을 observation으로 모두 두는 것이 나을지 LOINC로 answer relationship을 살리는 것이 좀더 용이할지에 대해서는 좀더 논의가 필요한 사항이라고 봅니다. 이에 대한 의견을 구합니다 ^^

병원들의 정보 공유를 통해 가장 최선의 모델로 기관별로 비슷한 형태로 CDM이 구축되어야 향후 공동연구에도 유리할 것으로 보이는 바,

지금 이 이슈에 대해서 보다 활발한 논의가 이루어져서 병원들의 가족력, 과거력의 Mapping rule 의 표준화가 이루어졌으면 합니다.


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