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KCD code를 Condition table에 매핑하는 법에 대해 질문드립니다

OHDSI in Korea
#1

안녕하세요. 삼성서울병원 연구원 민지영입니다.
KCD코드를 Condition table에 매핑하는 중 궁금한 점이 생겨 질문드립니다.

예시)
KCD M80.29(Osteoporosis of disuse with pathological fracture, site unspecified)를 condition table에 매핑할 때,

concept_id = SNOMED ???
condition_source_value = M80.29
condition_source_concept_id = ??

  1. 해당 KCD code를 변환할때 condition_source_concept_id를 ICD code의 concept ID를 사용해야 하는지 아니면 다른 방법으로 매핑된 코드를 사용해야 하나요?

  2. ICD code를 활용한다고 하더라도 KCD code 중 ICD code에 포함되어 있지 않는 code의 경우 어떻게 표현해야 할까요?

  3. 그리고 KCD code의 concept_id를 찾을때 SNOMED를 활용한다면 완벽하게 일치하는 내용이 없을경우 비슷한 내용으로 대체해야 하나요?

예를들어 위에 제시한 KCD M80.29의 경우 ICD M80.29 와 동일하며 이는 OMOP에서 42618549로 mapping되어 있습니다. 하지만 ICD는 non-standard이기 때문에 concept_id를 찾기위해 SNOMED 로 mapping을 해야할것 같은데요. SNOMED에서 가장 비슷한 것을 찾으면 203445009 인 (Osteoporosis of disuse with pathological fracture (disorder)) 가 가장 비슷하지만 완벽하게 똑같지는 않습니다. 이런 경우 비슷한 것으로 대체해야하는지 아니면 OMOP에서 제시하는 방식인 source_value만 기록하고 concept_id를 '0’으로 기록하는것이 적절할지도 궁금합니다

#2

ICD code에 대한 CONCEPT_ID 를 먼저 찾고, 그것에 MAPPING 되어 있는 SNOMED CONCEPT_ID를 찾습니다. SNOMED <-> ICD code의 mapping은 concept_relationship 테이블에 들어있습니다.
하기의 코드 대로 하시면 됩니다.

MS-SQL 기준 코드 입니다.

SELECT * FROM CONCEPT_RELATIONSHIP
where relationship_id = 'maps to'
AND concept_id_1 IN (SELECT concept_id FROM CONCEPT WHERE concept_code = 'M80.29');

이 부분에 대해서는 추가적인 매핑이 필요합니다. 추가적인 매핑 결과가 공유되어, 한국의 표준이 되면 좋겠습니다. ^^

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