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Diagnostics와 covariate balance 에 대한 질문입니다!


(Shinchobyeol) #1

안녕하세요 고려대학교 신초별입니다.
현재 atlas 에서 생성된 estimation 파일을 R로 실행할 수 있도록 환경구축 중 문제가 생겨 글을 올리게 되었습니다.

데이터베이스는 postgresql을 사용하고, cdm cheme은 5.2.2 버전,데이터는 https://www.ohdsi.org/data-standardization/ 에서 제공하는 Synpuf 5% sample을 사용하였습니다.

atlas-demo 페이지에서 여러 estimation 샘플들을 받아 테스트 중 공통적으로 generateDiagnostics 부분에서 “atomic과 리스트 타입들에 대해서만 비교(1)가 가능합니다” 라는 에러가 발생하였습니다.

따라서 execute 함수 실행 시 runDiagnostics = FALSE 로 놓고 실행하여, ResultsSynpuf.zip 파일을 얻을 수 있었는데,
execute(connectionDetails = connectionDetails,
cdmDatabaseSchema = cdmDatabaseSchema,
cohortDatabaseSchema = cohortDatabaseSchema,
cohortTable = cohortTable,
oracleTempSchema = oracleTempSchema,
outputFolder = outputFolder,
databaseId = databaseId,
databaseName = databaseName,
databaseDescription = databaseDescription,
createCohorts = TRUE,
synthesizePositiveControls = TRUE,
runAnalyses = TRUE,
runDiagnostics = FALSE,
packageResults = TRUE,
maxCores = maxCores)

shinyapp 실행 시 covariate balance 부분에서 generateDiagnostics 실행 시 나타났던 오류와 같은 오류메세지를 얻을 수 있었습니다.

이 두가지 공통 오류들의 원인이나 해결방안을 알고 싶습니다.
감사합니다.


(Jae Hyeong Cho) #2

안녕하세요, 아주대학교 의료정보학과의 조재형입니다.

해당 에러는 발생하는 이유가 너무나 다양해서, 게시글에서 파악된 정보만으론 해결방안을 알아내긴 조금 어려운 것 같습니다.

분석에 사용된 패키지 파일을 저에게 보내주시거나(boyinai03@gmail.com) , 게시하시거나, github에 올려주실 수 있으실까요? 제가 아는 범위 안에서 확인해보도록 하겠습니다.

감사합니다.


(Seng Chan You) #3

Diagnostics.R 에서 plotting 모듈을 모두 비활성화하시고 실행시키시면 되실 것 같기는 합니다…


(Shinchobyeol) #5

패키지파일 메일로 첨부하였습니다! 답변 감사합니다!


(Shinchobyeol) #6

코드 수정후 실행해보겠습니다. 답변 감사합니다!


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