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아주 기초적인 질문이 될지도 모르겠는데요.
OMOP CDM의 CONCEPT table 중 standard_concept 필드의 정확한 의미가 궁금합니다.
This flag determines where a Concept is a Standard Concept, i.e. is used in the data, a Classification Concept, or a non-standard Source Concept. The allowables values are ‘S’ (Standard Concept) and ‘C’ (Classification Concept), otherwise the content is NULL.
OHDWI wiki에 보면 위와 같이 설명을 하고 있는데요. 정확한 의미를 모르겠네요.
예를 들어 ICD10에 속하는 concept은 모두 non-standard라고 하는데
여기서 말하는 standard의 정확한 의미는 어떻게 되나요?
감사합니다.
standard_concept 은 OHDSI에서 정의한 standard를 의미합니다. OHDSI에서는 ICD-10을 OMOP standard로 정의하지 않았기때문에 non-standard입니다.
빠른 답변 감사합니다.
OHDSI에서 standard_concept에 대해 정의를 한다고 하면
ODISI에서 이에 대한 정확한 기준이나 또는 결과물이 나와 있을 것 같은데 그건 어디서 확인할 수 있을까요?
예를 들어 ICD10은 전부 non-standard인데 SNOMED의 경우에는 standard인 것도 있고 non-standard인 것도 있습니다.
어떻게 이를 분류하는지 궁금하네요.
감사합니다.
concept_id가 가지고 있는 정보들을 종합적으로 확인해야합니다. 예를 들어주신 SNOMED의 경우 domain이 condition인 경우는 standard이고 domain이 drug인 경우는 non-standard입니다. 그리고 standard 였지만 어떠한 이유에서 deprecated 된 경우 non-standard가 될 수도 있습니다. 그 밖에도 다양한 케이스들이 가능할 것 같습니다.
결과물은 http://athena.ohdsi.org/search-terms/terms 에서 확인하시거나 omop vocabulary를 직접 download 받아서 확인가능합니다. 각 vocabulary의 정책이 변경되면 OHDSI에서도 변경된 정책을 반영하고 있습니다만 정확히 어떤 기준으로 정의를 했는지는 글로벌 포럼쪽에 문의해보시는 것이 좋을 것 같습니다.
빠른 답변 정말 감사합니다.
많은 도움 되었습니다.