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Atlas 와 자동화패키지 오류들 해결방법 정리된 글이 있을까요?

atlas

(Se Na) #1

안녕하세요 연세대 나세희입니다.

ATLAS를 구축한 후에 ATLAS를 사용하려고 하는데 에러들이 하나같이 검색이 안되는데 forums글을 검색해도 안 나오니 막막합니다…
혹시 따로 ATLAS 구동하시면서 마주쳤던 에러들 해결과정을 정리해둔 자료들이 있을까요??

현재 제가 겪고 있는 에러들은…

  1. generate가 characterization에서만 돌아가질 않습니다. 톰캣 로그에서 어떤부분을 봐야 되는 걸까요?? (incidence rates는 또 잘 됩니다.)

  2. Estimation으로 자동화패키지를 만든 후에 코드가 코호트 마다 새로운 에러를 보이면서 돌아가지 않습니다…
    2-1. prepareForEvidenceExplorer 코드에서 자동적으로 temp폴더가 생성되지 않길래 이 코드만 한줄한줄 돌리면 또 다 돌아갑니다. 그런데 그렇게 해서 shiny까지 띄우면 그래프 kaplan-meier plot 이 나오질 않습니다.

    2-2. outcome cohort를 measurement 수치값으로 생성하게 되면,
    “Warning: NAs introduced by coercion”
    “class java.lang.String cannot be cast to class java.lang.Integer”
    해당 measurment concept_id에 해당하는 값을 SQL에서 확인해 보니, float인데… int여야 되는건 아닌거 같은데 저만겪는것인지 forum에 없네요…

    2-3. [SCYou]Hypoglycemia risk between metformin and glyburide - 곤지암 PLE 튜토리얼에서 사용한 코드를 고대로 (import 기능이 없길래 하나하나 클릭해서) 구축해서 돌렸는데
    Error in colnames<-(*tmp*, value = SqlRender::camelCaseToSnakeCase(colnames(data))) :
    attempt to set ‘colnames’ on an object with less than two dimensions
    이런 에러가 뜨면서 안 돌아갑니다…

  3. Prediction 의 경우, R studio에서 돌리게 되면 cstack 에러가 뜹니다. 해당 에러 때문에 Rstudio에 메모리를 늘리기도 했는데도 에러가 해결되지 않습니다…

에러가 나길래 계속 다른 방향으로 하면 안나나 하고 계속 해보는데… 오히려 계속 forum에 안나오는 에러만 나와서 어떻게 해야 할 지 모르겠습니다…
혹시 이러저러한 에러 해결하셨던 경험들을 공유해주신다면 아주 큰 도움이 되겠습니다 ㅠㅠ


(Jae Hyeong Cho) #2

안녕하세요, 아주대학교 의료정보학과 조재형이라고 합니다.

전체적으로, 세부적인 환경을 직접 들여다 볼 수 없기 때문에 정확한 답변이 쉽지 않은점 양해부탁드리겠습니다.

1 tomcat log와 함께 chrome f12 console log를 확인해보시는 것을 추천드립니다.

2-1 kaplan-meier plot이 누락되는 이유는, 생존함수를 계산하기 전에 에러가 있었거나, 코호트가 충분하지 않았을 것으로 생각됩니다.
2-2 구축하신 CDM이 어떤 자료인지, ETL과정은 어떠한지 알 수 없기 때문에 정확한 답변은 어렵지만, 아주대에 구축된 환경에서 measurement 수치로 코호트를 만드는 것에는 문제가 없는 것으로 확인했습니다:


2-3 이 부분은 제가 직접 구성하신 코호트를 볼 수 없기 때문에 잘 모르겠습니다.

3 linux 환경에서 하드웨어의 메모리가 부족하거나, 특정 유저에 할당된 메모리가 부족할 때 발생하는 에러로 알고 있습니다. 저희의 경우 특정 유저가 사용 할 수 있는 메모리 제한을 수정하여 해결했습니다.

구축하신 CDM과 서버 환경을 다시 한 번 점검을 하시고, OHDSI에서 제공하는 도구들에 대한 가이드북을 보시는 것을 추천드립니다: 영문, 국문


(Se Na) #3

선생님 답변주셔서 정말 감사합니다

현재 저희 ATLAS에서 만든 estimation 정의를 공식 ATLAS에 IMPORT하여 자동화패키지 생성 후 다운로드하여 실행 시,
2-2, 2-3 에러가 다 나오지 않음을 확인하였습니다. (3번 에러도 그런지 확인 예정입니다.)
그래서 선생님 의견대로 구축한 서버 환경과 공식 OHDSI에서 요구하는 서버환경과 비교하여 재구축 예정입니다. (구축한 CDM 버전은 5.2.2이며, SQL 쿼리 자체를 OHDSI 공식 테이블 생성 코드 수행 후, INSERT하였기에 이 부분에서 큰 오류가 없을 것이라 생각하고 있습니다.)
그 후에 1번 에러도 확인해 보겠습니다.

다시한번 답변 감사합니다 ^^


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