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Atlas cohort 생성 관련

안녕하세요.
연세대학교 의생명시스템정보학교실 민주희 입니다.

only A drug 투여한 대상군에 대한 코호트를 생성하려고 할 경우에,
A drug 최초 start date -90days and A drug 마지막 start date 의 end date +90days 사이에 A 제외한 다른 drug 투여 이력이 없는 사람에 대한 조건 설정이 하나의 코호트 내에서 가능한 것인가요?
아래 캡쳐화면까지는 제가 시도해본 결과입니다만,


A drug 최초 start date 와 A drug 마지막 start date 의 end date 를 각각 기준으로 잡고 before, after 날짜 조건을 하나의 코호트 내에서 생성 가능할까요?

감사합니다.

안녕하세요,
아주대학교 의료정보학과 김청수입니다.

그림의 하단 Restrict initial events to :
부분을 보시면 날짜 조건을 주는 부분 옆에 작게 add additional constraint 글자가 있습니다. 이 부분을 누르시면, 날짜 조건을 2번 걸 수 있습니다.

말씀하신것 처럼 B 가 없어야 하는 조건을 아래와 같이 걸 수 있으나,

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제한 조건이 drug B의 event start 기준이라는 점과,
drug A 의 cohort_end_date를 cohort definition 하단 cohort exit 부분에서 명확히 정해주셔야 하는 점이 고려해야 할 점인 것 같습니다.

(end of continuous drug exposure 기능에 적절한 persistence window를 설정해주셔야 할 것 같습니다.)

도움이 되셨기를 바랍니다.

도움 주셔서 감사합니다.

날짜 조건 2번 걸 수 있는 것은 확인했습니다.

제한 조건이 drug B 의 event start 라고 하셨는데
drug B 의 event end 로 기준을 잡기에는 어려움이 있는 걸까요?
설명을 덧붙이자면, drug A 의 index start date 와 drug B 의 event ends 를 비교하고자 할 경우 입니다.

한가지 더 궁금한 점은,
말씀주신 cohort exit 부분의 end of continuous drug exposure 기능 중 persistence window 를 30days 로 설정할 경우 계산된 date 가 상단 Restrict initial events to 에 날짜 조건 주기 위한 index end date 가 되는 것인가요?

제한 조건을 drug B의 event end로 변경하는 것은 event start 버튼(파란색 부분)을 누르면 event end로 바뀝니다.

두번째로 질문 주셨던 부분은 좋은 지적이십니다. 아틀라스로 생성되는 쿼리문을 참고하시면, cohort entry event 부분 (cohort start date 결정), cohort inclusion 부분 (inclusion 대상 환자 설정) cohort exit 부분 (cohort end date 결정)의 순서로 생성되는데, 말씀주신 것 처럼 cohort exit부분은 마지막에 적용되므로, cohort entry event에서 조건을 주신다면, index end date는 각 drug exposure record의 end date 일 것이고, persistance window 가 적용되지 않을 것으로 생각됩니다. 제가 오류가 있었네요.

해당 약제의 조건이 맞는다면 drug era를 사용하실 수도 있겠습니다.

혹 오류가 있으면 정정해주세요. 감사합니다.

감사합니다.

drug era 도 고려해보도록 하겠습니다.

투여한 여러 약물들 중 가장 마지막 end date 를 아틀라스 상에서 잡아낼 수 있을지 궁금합니다.

index date(기준점) 를 잡기 위해서 cohort entry 부분에서 earliest event per person 으로 설정하면,
제가 확인한 바로는 하단 inclusion criteria 의 index start date, index end date 는 가장 첫번째 event 의 start date와 end date 로 잡히는 것 같습니다.
여러 개의 약물 대상으로, 한명의 환자에게 있어서 해당 약물들 중의 마지막 end date 를 잡아낼 수 있는 방법이 있다면 도움 말씀 부탁드립니다.

감사합니다.

이 선택권이 있습니다 …

  1. 지정 latest event per person.

  2. 중첩 된 기준을 사용하여 1 일 후와 이후 모든 날 사이에 정확히 0 번 발생하는 마약 시대 레코드를 지정합니다. 마지막 항목은 그 뒤에 0 번 발생하는 항목입니다.

  3. 1 인당 모든 이벤트를 허용하고 마지막 코호트 에피소드가 마지막 노출이 끝나는시기를 결정하도록합니다. 최종 코호트 테이블을 쿼리하여 개인별 마지막 에피소드를 찾고 마지막 에피소드의 / 종료 날짜 /를 사용하여 마지막 노출이 언제 끝났는지 확인해야합니다.

제대로 번역되지 않으면 사과드립니다!

1 Like

감사합니다.

제가 얻고자 하는 것은,
한 사람 당

  1. 약물 a group 의 가장 첫번째 event 의 start date 와 약물 b group 의 end date 비교
  2. 약물 a group 의 가장 마지막 event 의 end date 와 약물 b group 의 start date 비교 입니다.

도움주신 말씀에 따르면 하나의 코호트 내에서 원하는 대상군을 뽑아낼 수 없을 것 같은데, 제가 이해한 것이 맞는지요?

두 코호트가 필요합니다.

약물 그룹 A는 가장 빠른 시작일에만 관심이 있습니다.

약물 그룹 B는 최신 end_date에만 관심이 있습니다.

따라서 약물 A에 대해 1 인당 가장 빠른 이벤트를 사용하고 B 약물에 대해 1 인당 최신 이벤트를 사용하고 약물 A 코호트와 약물 B 코호트 사이의 사람들에 대해 일치시킬 수 있습니다. 원하는 두 날짜를 입력하십시오. 동일한 정의에서 두 유형의 날짜를 모두 반영하는 단일 집단을 만들 수 없다고 생각합니다.

또한 어떤 사람들은 약물 그룹 B에없는 약물 그룹 A에 있고 일부는 그룹 B에 있지만 그룹 A에는 없습니다. 따라서이를 찾으려면 person_id를 일치시켜야합니다. A와 B가 모두 있습니다.

약물 그룹 A의 누군가가 약물 그룹 B보다 시간이 늦게 나타나는 경우도있을 수 있으므로 약물 A가 약물 B보다 먼저 발생해야하는 경우 추가 논리를 적용해야합니다.

1 Like

제 생각엔 약물 A cohort / B cohort를 생성한 후에 (여기까진 ATLAS를 통해), (여기서 부터는 추가 query를 통해) person id를 기준으로 비교하면 될 것 같습니다.

큰 도움 주셔서 감사합니다.
말씀주신 모든 내용 참고하여 다시 적용해보도록 하겠습니다.

Thanks, @Chris_Knoll for your international help with google translator! it’s amazing.

의견 주셔서 감사합니다.

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