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OHDSI mapping table 관련 질문 입니다

OHDSI in Korea
#1

안녕하세요 성균관대학교 디지털헬스학과 재학중인 차경민 이라고 합니다.

과제 진행중에 2가지 궁금한 사항이 있어 문의 드립니다.

  1. 부등호 관련 mapping table

less than , upper than 등 부등호가 포함된 DATA의 처리 코드에 대해 mapping table이 있는지 문의드립니다.

포럼에서 PPT 로 concept ID 가 있다는 슬라이드를 봤는데, 엑셀형태로 정리된 것이 있는지 궁금합니다.

  1. Blood Lab mapping table

전체 Blood Lab mapping table 이 업로드 돼있다면, 어디에 있는지 가르쳐주시면 제가 확인해 보겠습니다.

감사합니다.

#2

안녕하세요 아주대학교 의료정보학과 신다혜입니다.
문의 내용에 대해서 답변드립니다.

  1. 부등호 관련 concept_id 검색은 OHDSI athena (http://athena.ohdsi.org)에서 vocabulary를 다운 받으셔서 concept 테이블에서 찾으시면 됩니다.
    부등호 관련 검색은 아래 쿼리로 검색하시면 됩니다.
    [ select * from concept
    where DOMAIN_ID =‘Meas Value Operator’
    and CONCEPT_CLASS_ID =‘Qualifier Value’ ]
    결과는 아래와 같습니다
    CONCEPT_ID | CONCEPT_NAME
    4172703 | =
    4172704 | >
    4171754 | <=
    4171755 | >=
    4171756 | <

  2. Blood Lab mapping table은 공개된 것은 없고, 삼성병원에서 저희가 개발한 매핑 라이센스를 구매하시면 사용하실 수 있습니다.
    또한 삼성병원에서 다빈도로 사용하는 Blood Lab 목록(LOCALCODE/ LOCALCODENAME, EDICODE, EDICDOENAME, UNIT, FREQUENCY)을 추출하여 저희에게 보내주시면 OMOP CONCEPT_ID로 매핑하여 보내드립니다

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