############################################################################################################################################################ # Section 1: # Broadsea Host ############################################################################################################################################################ DOCKER_ARCH="linux/amd64" # change this to linux/arm64 if using Mac Silicon, otherwise keep as-is BROADSEA_HOST="127.0.0.1" # change to your host URL (without the http part) HTTP_TYPE="http" # if using https, you need to add the crt and key files to the ./certs folder BROADSEA_CERTS_FOLDER="./certs" ############################################################################################################################################################ # Section 2: # Atlas GUI configuration ############################################################################################################################################################ ATLAS_INSTANCE_NAME="Broadsea" ATLAS_COHORT_COMPARISON_RESULTS_ENABLED="false" ATLAS_USER_AUTH_ENABLED="true" # set to true if using security, but ensure you fill out the WebAPI/Atlas security sections below ATLAS_PLP_RESULTS_ENABLED="false" ############################################################################################################################################################ # Section 3: # WebAPI Database configuration ############################################################################################################################################################ # Keep as-is if using Broadsea to launch the WebAPI postgres, replace if using an external postgres instance WEBAPI_DATASOURCE_URL="jdbc:postgresql://broadsea-atlasdb:5432/postgres" WEBAPI_DATASOURCE_USERNAME="postgres" WEBAPI_DATASOURCE_PASSWORD="mypass" WEBAPI_DATASOURCE_OHDSI_SCHEMA="webapi" ############################################################################################################################################################ # Section 4: # Atlas security provider configuration ############################################################################################################################################################ # Only modify if you are enabling security! ATLAS_SECURITY_PROVIDER_TYPE="basic" # ad, ldap, kerberos, openid, cas, oauth, iap, basic ATLAS_SECURITY_PROVIDER_NAME="Admin Login # What to call the provider in the Atlas GUI (e.g. "OHDSI Active Directory") ATLAS_SECURITY_ICON="fa-cubes" # font-awesome icon name ATLAS_SECURITY_USE_FORM="true" # set to true for most security providers ATLAS_SECURITY_USE_AJAX="true" # set to true for most security providers except CAS ############################################################################################################################################################ # Section 5: # WebAPI security configuration ############################################################################################################################################################ WEBAPI_SECURITY_PROVIDER="AtlasRegularSecurity" # Change to AtlasRegularSecurity # choose one, set it to enabled, and replace with appropriate values # Basic SECURITY_AUTH_JDBC_ENABLED="true" SECURITY_DB_DATASOURCE_SCHEMA="webapi_security" SECURITY_DB_DATASOURCE_URL="jdbc:postgresql://broadsea-atlasdb:5432/postgres" SECURITY_DB_DATASOURCE_DRIVERCLASSNAME="org.postgresql.Driver" SECURITY_DB_DATASOURCE_USERNAME="mypass" SECURITY_DB_DATASOURCE_PASSWORD="webapi" # LDAP SECURITY_AUTH_LDAP_ENABLED="false" SECURITY_LDAP_DN="cn={0},dc=example,dc=org" SECURITY_LDAP_URL="ldap://localhost:389" SECURITY_LDAP_BASEDN= SECURITY_LDAP_SYSTEM_USERNAME= SECURITY_LDAP_SYSTEM_PASSWORD= SECURITY_LDAP_SEARCHSTRING="(&(objectClass=person)(CN={0}))" SECURITY_LDAP_USERMAPPING_DISPLAYNAMEATTR="displayname" SECURITY_LDAP_USERMAPPING_FIRSTNAMEATTR="givenName" SECURITY_LDAP_USERMAPPING_MIDDLENAMEATTR="initials" SECURITY_LDAP_USERMAPPING_LASTNAMEATTR="sn" SECURITY_LDAP_USERMAPPING_USERNAMEATTR="cn" SECURITY_LDAP_USERIMPORT_USERNAMEATTR="cn" SECURITY_LDAP_USERIMPORT_LOGINATTR="uid" SECURITY_LDAP_SEARCHBASE="CN=Users,DC=example,DC=org" # AD SECURITY_AUTH_AD_ENABLED="false" SECURITY_AD_URL= SECURITY_AD_SEARCHBASE="CN=Users,DC=example,DC=org" SECURITY_AD_PRINCIPALSUFFIX= SECURITY_AD_SYSTEM_USERNAME= SECURITY_AD_SYSTEM_PASSWORD= SECURITY_AD_SEARCHFILTER="(&(objectClass=person)(cn=%s))" SECURITY_AD_IGNORE_PARTIAL_RESULT_EXCEPTION="true" SECURITY_AD_RESULT_COUNT_LIMIT="30000" SECURITY_AD_DEFAULT_IMPORT_GROUP="public" SECURITY_AD_SEARCHSTRING="(&(objectClass=person)(userPrincipalName=%s))" SECURITY_AD_USERMAPPING_DISPLAYNAMEATTR="displayName" SECURITY_AD_USERMAPPING_FIRSTNAMEATTR="givenname" SECURITY_AD_USERMAPPING_MIDDLENAMEATTR="initials" SECURITY_AD_USERMAPPING_LASTNAMEATTR="sn" SECURITY_AD_USERMAPPING_USERNAMEATTR="sAMAccountName" SECURITY_AD_USERIMPORT_LOGINATTR="sAMAccountName" SECURITY_AD_USERIMPORT_USERNAMEATTR="cn" # Kerberos SECURITY_AUTH_KERBEROS_ENABLED="false" SECURITY_KERBEROS_SPN= SECURITY_KERBEROS_KEYTABPATH= # OAuth SECURITY_OAUTH_CALLBACK_UI="http://localhost/Atlas/#/welcome" SECURITY_OAUTH_CALLBACK_API="http://localhost:8080/WebAPI/user/oauth/callback" SECURITY_OAUTH_CALLBACK_URLRESOLVER="query" SECURITY_AUTH_GOOGLE_ENABLED="false" SECURITY_OAUTH_GOOGLE_APIKEY= SECURITY_OAUTH_GOOGLE_APISECRET= SECURITY_AUTH_FACEBOOK_ENABLED="false" SECURITY_OAUTH_FACEBOOK_APIKEY= SECURITY_OAUTH_FACEBOOK_APISECRET= SECURITY_AUTH_GITHUB_ENABLED="false" SECURITY_OAUTH_GITHUB_APIKEY= SECURITY_OAUTH_GITHUB_APISECRET= # OpenID SECURITY_AUTH_OPENID_ENABLED="false" SECURITY_OID_CLIENTID= SECURITY_OID_APISECRET= SECURITY_OID_URL= SECURITY_OID_LOGOUTURL= SECURITY_OID_EXTRASCOPES= SECURITY_OID_REDIRECTURL="http://localhost/index.html#/welcome/" # CAS SECURITY_AUTH_CAS_ENABLED="false" WEBAPI_SECURITY_CAS_SERVER="" # IAP SECURITY_AUTH_GOOGLEIAP_ENABLED="false" SECURITY_GOOGLEIAP_CLOUDPROJECTID="" SECURITY_GOOGLEIAP_BACKENDSERVICEID="" SECURITY_GOOGLE_ACCESSTOKEN_ENABLED="false" # SAML SECURITY_SAML_ENABLED="false" SECURITY_SAML_ENTITYID="" SECURITY_SAML_IDPMETADATALOCATION="" SECURITY_SAML_KEYMANAGER_KEYSTOREFILE="" SECURITY_SAML_KEYMANAGER_STOREPASSWORD="" SECURITY_SAML_KEYMANAGER_DEFAULTKEY="" SECURITY_SAML_KEYMANAGER_PASSWORDS_ARACHNENETWORK="" SECURITY_SAML_METADATALOCATION="" SECURITY_SAML_CALLBACKURL="" SECURITY_SAML_SLOURL="" SECURITY_SAML_MAXIMUMAUTHENTICATIONLIFETIME="60" ############################################################################################################################################################ # Section 6: # Building Atlas or WebAPI from Git ############################################################################################################################################################ # if building Atlas from git rather than docker hub image ATLAS_GITHUB_URL="https://github.com/OHDSI/Atlas.git#rc-2.13.0" # if building WebAPI from git rather than docker hub image WEBAPI_GITHUB_URL="https://github.com/OHDSI/WebAPI.git#rc-2.13.0" ############################################################################################################################################################ # Section 7: # SOLR Vocab (optional) ############################################################################################################################################################ # keep as-is if using Broadsea to launch SOLR OMOP Vocabulary, otherwise replace with external SOLR OMOP Vocabulary endpoint SOLR_VOCAB_ENDPOINT="http://broadsea-solr-vocab:8983/solr" # if using Broadsea to launch SOLR, fill these out to build the vocab core VOCAB_VERSION="v5.0_23-JAN-23" # replace spaces with underscores VOCAB_JDBC_DRIVER_PATH="org.postgresql.Driver" VOCAB_JDBC_URL="jdbc:postgresql://broadsea-atlasdb:5432/postgres" VOCAB_JDBC_USER="postgres" VOCAB_JDBC_PASSWORD="mypass" VOCAB_JDBC_FILE_NAME="postgresql-42.5.0.jar" # this needs to be added to the Broadsea folder root VOCAB_DATABASE_SCHEMA="vocab" ############################################################################################################################################################ # Section 8: # HADES credentials to use in RStudio ############################################################################################################################################################ HADES_USER="ohdsi" HADES_PASSWORD="mypass" ############################################################################################################################################################ # Section 9: # Postgres and UMLS credentials for loading OMOP Vocab files into Postgres schema ############################################################################################################################################################ VOCAB_PG_HOST="broadsea-atlasdb" # the host name by itself (without db name) VOCAB_PG_DATABASE="postgres" VOCAB_PG_SCHEMA="omop_vocab" VOCAB_PG_USER="postgres" VOCAB_PG_PASSWORD="mypass" # IMPORTANT: If CPT4 conversion needed, use API KEY from UMLS account profile: https://uts.nlm.nih.gov/uts/profile UMLS_API_KEY= # if CPT4 conversion not needed, leave as empty ############################################################################################################################################################ # Section 10: # Postgres credentials for loading Phoebe file for Atlas 2.12+ Concept Recommendations into Postgres hosted OMOP Vocabulary schema ############################################################################################################################################################ # Should be an existing OMOP Vocabulary schema, you will need to make it the default Vocabulary source in Atlas PHOEBE_PG_HOST="broadsea-atlasdb" # the host name by itself (without db name) PHOEBE_PG_DATABASE="postgres" PHOEBE_PG_SCHEMA="omop_vocab" PHOEBE_PG_USER="postgres" PHOEBE_PG_PASSWORD="mypass" ############################################################################################################################################################ # Section 11: # Ares Data Folder config ############################################################################################################################################################ # change to the Ares data folder on your host ARES_DATA_FOLDER="./ares_data" ############################################################################################################################################################ # Section 12: # Broadsea Content Page config ############################################################################################################################################################ # divs with links to apps # either "show" to include on the page or "none" to hide it CONTENT_ARES_DISPLAY="show" CONTENT_ATLAS_DISPLAY="show" CONTENT_HADES_DISPLAY="show"