OHDSI Home | Forums | Wiki | Github

Snomed ct 후조합 표현 및 매핑관련

CDM 전문가는 아닙니다만, Vocabulary Forums에 국내 분들이 SNOMED CT와 관련된 글이 올리신 것이 있어서 정보공유 차원에서 글을 남깁니다 (3개의 글이 비슷한 내용이라 이곳에 한번에 올립니다).

먼저 제가 아는한 OHDSI CDM은 SNOMED CT Post-Coordinated expression을 지원하지 않습니다.

Post-Coordinated expression을 EMR 측에서 사용한다고해도 ETL 과정에서 Pre-Coordinated Concept으로 변경되어야 합니다.

ETL 과정에서 CDM Vocabulary에서 제공하지 않는 진단명을 SNOMED CT로 맵핑하려면 OHDSI의 Mapping of Concepts에 따라야 하는데, 이 경우 2개 이상의 SNOMED CT Concepts로 매핑될 수 있습니다.
(물론 애매한 경우가 있을 수 있는데, 이런 경우에는 각각의 케이스를 Vocabulary Forums에 올려서 전문가에게 의견을 구하는 것이 추후에 발생할 수 있는 문제를 예방하는 방법이 될 수 있을겁니다)

SNOMED CT qualifier limitation in CDM라는 글과 관련해서… 참고로 SNOMED CT에서 qualifier의 사용은 Domain - Range에 따라 결정되기 때문에 limited라고 보시면 됩니다.

위에 적은 부분은 이미 알고 계시는 내용으로 생각되어 간단히 적었고, 제가 공유하고자 하는 내용은 SNOMED CT Post-Coordinated Expression에 관한 부분입니다.

SNOMED CT Post-Coordinated Concept을 새롭게 생성하는 것(즉, 새로운 Pre-Coordinate Concept의 생성)은 IHTSDO에서 National Member Body 수준이 아니면 권장하지 않고 있습니다. 결국 기존에 존재하는 Pre-Coordinated Concept을 사용하라는 의미입니다.

그 이유는 SNOMED CT는 polyhierarchy 구조이기 때문에 Defining Relationship과 Refinement, MRCM 등의 규칙을 정확하게 이해한다고 해도, 아주 간단한 경우(기존 병명에 Laterality 추가 등)가 아니라면 수작업으로 Post-Coordinated Concept을 생성하는 것은 쉽지 않으며, 비록 생성을 한다고해도 다른 기관에서 해당 Concept을 적용할 수 있도록 하기 위해서는 SNOMED Extension 규칙에 따라 배포해야 하는 문제도 있습니다.
( 참고로 SNOMED CT의 계층구조는 EL Description Logic에 따라 “수작업” 작성된 stated relationship을 추론엔진을 이용해서 “자동화된” 방법으로 inferred relationship을 만듭니다. 또한 Extension 배포는 SNOMED CT Internal Edition과 같은 폴더 및 파일 구조로 이루어집니다)

새로운 Pre-Coordinated Concept으로 만들지 않는 Post-Coordinated Expression의 경우에도 SNOMED CT ID만 생성하지 않을 뿐이지 위에 언급한 문제가 똑같이 생길 수 있습니다.

결론적으로 SNOMED CT 규칙에 맞는 Post-Coordinated expression을 생성하는 것이 쉽지 않으며, 규칙에 맞지 않는 것을 생성하게 된다면 추후에 Standard Terminology Service (Equivalence test, Subsumption test 등)에서 지원할 수 없기 때문에 SNOMED CT Post_Coordinated Expression & Concept을 지원하는 Terminology Service나 툴을 사용하지 않는다면 되도록 사용하지 말아야 합니다.

좋은 포스팅 감사합니다.
말씀하시데로 현재 OMOP CDM의 vocabulary는 post-coordination을 지원하지 않습니다.
OMOP CDM에서 진단명, 약처방, 시술, 검사 등의 테이블은 COPE (OCS)테이블에서 대부분의 데이터를 가져오므로 별 문제가 없을 것 이며, 다만 observation table은 EMR의 임상관찰 정보로 부터 추출되는 정보가 많습니다. 이 경우 약간의 문제가 발생할 수도 있겠습니다. 하지만, 이 역시 EMR에서 clinical note에 post-coordinated 된 concept를 쓰는 병원이 거의 없기 때문에 큰 문제가 없을 것으로 보입니다.

t