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건강보험공단 샘플 코호트의 OMOP-CDM ETL code 업로드

OHDSI in Korea
#1

안녕하세요,
아주대학교 의료정보학과 박사과정 유승찬입니다.
아직 완전하지 않지만 건강보험공단 샘플 코호트의 OMOP-CDM ETL code 를 OHDSI github에 업로드 하였습니다.
( https://github.com/OHDSI/ETL---Korean-NSC )

건강보험공단의 샘플 코호트의 중요성과 유용성이 익히 아시리라 믿습니다. 한국의 대부분의 의료 행위는 건강보험의 수가와 밀접한 연관이 되어 있어, 공단의 claim data를 ETL하는 규칙을 이해하시면, 각 병원에서의 ETL 작업에도 큰 도움이 될 수 있고, ETL 통일화에도 기여할 수 있다고 판단하여 코드를 공개합니다.

정리를 끝내지 못하고 코드부터 업로드하였지만, 건강보험공단의 샘플 코호트를 구매하여 가지고 계시고, SQL server 를 사용하신다면 코드 이용이 가능하실 겁니다. OMOP-CDM 으로 ETL을 수행하시고 나면, OHDSI tool들도 적용이 가능합니다. ETL code를 더 발전시키고, 일반화시키는 작업은 계속하여 업데이트 할 계획입니다.

ETL document도 정리되는 대로 업로드를 할 계획이며, 현재 ETL하면서 생긴 경험을 논문화 중에 있습니다.

아직 부족한 부분이 많습니다. 보시면서 이상한 점이 있으면 주저 없이 말씀해주시기 바랍니다. 감사합니다.

#2

유승찬 선생님 안녕하세요, 저는 KAIST 박사과정에 재학 중인 박성규라고 합니다.

먼저 이렇게 ETL 코드 공개를 통해 다른 연구자들이 OMOP-CDM에 대해 보다 더 잘 이해 할 수 있도록 해주셔서 감사드립니다.

평소 OMOP-CDM에 관심을 가지고 살펴보던 중, 건강보험 공단 데이터의 ETL 코드를 공개하신 것을 알게되었습니다. 공유해주신 ETL 코드를 보며 개인적으로 어떠한 과정으로 변환이 되는지 분석하고 시도해보려는 차에 궁금한 점이 있어 질문 드립니다.

변환을 하기 위해서는 가장 기본이 되는 mapping table이 필요한 것으로 보이는데요, 현재 github에는 mapping table이 2개만 있고, PROCEDURE_MAPPINGTABLE, DRUG_MAPPINGTABLE, CONDITION_MAPPINGTABLE은 찾을 수가 없는데 혹시 해당 테이블을 구하려면 어떻게 해야하는지 알 수 있을까요?

다시 한 번 많은 도움 주셔서 감사합니다!

#3

@shaun01

박성규 선생님, 질문 감사 드립니다 ^^
Drug, procedure mapping table의 경우, 저희가 따로 만들어 관리하고 있습니다.

하기 주소로 연락 주시면 조금 더 자세히 말씀드리도록 하겠습니다. 감사합니다 ^^
applegna@gmail.com

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