안녕하세요 고려대학교 신초별입니다.
현재 atlas 에서 생성된 estimation 파일을 R로 실행할 수 있도록 환경구축 중 문제가 생겨 글을 올리게 되었습니다.
데이터베이스는 postgresql을 사용하고, cdm cheme은 5.2.2 버전,데이터는 Data Standardization – OHDSI 에서 제공하는 Synpuf 5% sample을 사용하였습니다.
atlas-demo 페이지에서 여러 estimation 샘플들을 받아 테스트 중 공통적으로 generateDiagnostics 부분에서 “atomic과 리스트 타입들에 대해서만 비교(1)가 가능합니다” 라는 에러가 발생하였습니다.
따라서 execute 함수 실행 시 runDiagnostics = FALSE 로 놓고 실행하여, ResultsSynpuf.zip 파일을 얻을 수 있었는데,
execute(connectionDetails = connectionDetails,
cdmDatabaseSchema = cdmDatabaseSchema,
cohortDatabaseSchema = cohortDatabaseSchema,
cohortTable = cohortTable,
oracleTempSchema = oracleTempSchema,
outputFolder = outputFolder,
databaseId = databaseId,
databaseName = databaseName,
databaseDescription = databaseDescription,
createCohorts = TRUE,
synthesizePositiveControls = TRUE,
runAnalyses = TRUE,
runDiagnostics = FALSE,
packageResults = TRUE,
maxCores = maxCores)
shinyapp 실행 시 covariate balance 부분에서 generateDiagnostics 실행 시 나타났던 오류와 같은 오류메세지를 얻을 수 있었습니다.
이 두가지 공통 오류들의 원인이나 해결방안을 알고 싶습니다.
감사합니다.